|
|
Covalent geometry of nucleic acids
Schramlová, Barbora ; Černý, Jiří (vedoucí práce) ; Dohnálek, Jan (oponent)
V Abstrakt Nukleové kyseliny jsou látky, které hrají zásadní roli ve všech živých organismech. Uchovávají genetickou informaci a řídí proces syntézy bílkovin. Tyto makromolekulární látky jsou složené z řetězců nukleotidů. Podle typu cukru v nukleotidech rozlišujeme nukleové kyseliny na DNA (Deoxyribonukleová kyselina) a RNA (Ribonukleová kyselina). Nukleotidové sekvence také určují prostorové konformace nukleových kyselin. Na úrovni dinukleotidů jsou tyto konformace popsány tzv. třídami dinukleotidových konformerů - NtC. Pro studium nukleových kyselin je zásadní znát jejich prostorové uspořádání. Nejpoužívanější metoda pro jejich studování ve 3D prostoru je rentgenová krystalografie. Ta využívá interakce rentgenových paprsků s elektronovým oblakem atomů v krystalu. Výsledkem jsou krystalografická data, která dále prochází procesem tzv. rafinace a validace. Jedním z nejdůležitějších parametrů při rafinaci a validaci jsou stereochemické standardy. Jedná se o slovníky parametrů, které charakterizují konkrétní délky vazeb, úhly, torzní úhly, roviny a chiralitu. Tyto slovníky byly naposledy aktualizovány v roce 2020, ale i tak potřebují další upřesnění. Tato práce se proto zaměřuje na podrobnou charakteristiku a popis kovalentní geometrie nukleových kyselin. Cílem práce je zhodnocení nejnovějších...
|
host ::
RSS.